De l'aide pour vos programmes et scripts en Perl

Trouvé une séquence et la rallonger

Bonjour,
Je débute en Perl et j'avoue que je suis un peu perdu... J'aurai donc besoin d'un conseil / avis.

Dans un premier fichier fasta, j'ai des séquences entières de mRNA.
Dans un deuxième fichier fasta, j'ai des séquences tronquées des mêmes mRNA.
Mon intention est de rallonger les mRNA tronqués de 500 nucléotides à l'avant et de 500 à l'arrière.

Je pensai donc retrouver la séquence tronquée dans le mRNA entier pour ensuite extraire ma séquence rallongée.

A votre avis est-ce possible de réalisr un tel script?

Si oui, auriez vous quelques pistes sur lesquels me lancer car je suis totalement dans le flou?
Si non, comment puis-je procéder pour arriver à mes fins?

Merci beaucoup pour votre précieuse aide.
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